Die Rechtsfrage, ob und gegebenenfalls unter welchen Voraussetzung oder Einschränkungen der sogenannte „Zeitreihenvergleich“ eine geeignete Methode zur Schätzung der Besteuerungsgrundlage darstellt, bedarf der höchstrichterlichen Klärung. Dies hat der BFH am 14.05.2013 beschlossen.
In der Rechtsprechung ist der Zeitreihenvergleich bisher nur als Schätzungsmethode in Fällen angewandt worden, in denen die Buchführung nach § 158 AO aus anderen Gründen nicht der Besteuerung zugrunde gelegt werden konnten. In zwei Entscheidungen des FG Düsseldorf deutet sich die Bereitschaft an, den Zeitreihenvergleich weitergehend einzusetzen. „Der Zeitreihenvergleich als Methode des inneren Betriebsvergleichs [...] lässt kaum Raum für Zweifel daran, dass Erlöse und Wareneinsatz nicht zutreffend verbucht wurden“.
Dementgegen wird in der wissenschaftlichen Literatur teilweise die Auffassung vertreten, daß es sich beim Zeitreihenvergleich nur um eine Schätzungsmethode handelt und er nur bedingt geeignet ist, eine formell ordnungsgemäße Buchführung zu erschüttern. Andernorts findet sich die Meinung, daß der Steuerpflichtige selbst bei einer ordnungsgemäßen Buchführung einen Zeitreihenvergleich der Finanzbehörde widerlegen müsse und sich darauf schon während des laufenden Veranlagungszeitraums durch Zwischeninventuren, eigene Zeitreihenvergleiche oder gar simulierte Betriebsprüfungen vorbereiten solle.
Ebenso vertreten wird die Ansicht, daß die Möglichkeit bestehe, mit dem Zeitreihenvergleich die Vermutung des § 158 AO (daß eine formell ordnungsgemäße Buchführung grundsätzlich sachlich richtig und der Besteuerung zugrunde zu legen ist) zu entkräften. Nach dieser Ansicht kommt der Zeitreihenvergleich sowohl als Verprobungsmethode als auch als Schätzungsmethode in Betracht. Der Zeitreihenvergleich weist zwar kein exaktes Rechenergebnis aus, sondern „zunächst nur“ eine Schwankungsbreite von Perioden- Rohgewinnaufschlagsätzen. Jedoch ist wesentlich für das Verständnis des Zeitreihenvergleichs, dass Grund dieser Schwankungsbreiten gebuchte wirtschaftliche Sachverhalte sind, die auf ihre Plausibilität hin untersucht werden, nämlich Wareneinkäufe und Erlöse. Insoweit kann nach einer gründlichen Prüfung eine Betriebes die Feststellung getroffen werden, dass die im Hinblick auf die einzelnen Perioden extrem unterschiedlichen Rohgewinnaufschlagsätzen, die sich aus den gebuchten Wareneinkäufen und den gebuchten Erlösen ergeben, unter Berücksichtigung von festgestellten im wesentlichen gleich bleibenden Einkaufs- und Verkaufspreisen mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit nicht stimmen können. So können nach den Grundsätzen des Freibeweises Feststellungen mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit getroffen werden. Nach dieser Ansicht kann der Zeitreihenvergleich grundsätzlich auch in einem Steuerstrafverfahrens angewandt werden.
Hintergrund des Beschlusses des Bundesfinanzhofs vom 14.05.2013 bilden Entscheidungen des Finanzgerichts Köln sowie des Finanzgerichts Münster.