Die Fraktion Die Linke stimmte gegen den Vorschlag und brachte einen eigenen Entschließungsantrag (17/16/733) ein, der abgelehnt wurde. An dem ursprünglichen Gesetzentwurf wurden im Laufe des parlamentarischen Verfahrens eine Reihe von Änderungen vorgenommen. So wird die geplante Kommission, die Kriterien für die Endlagersuche erarbeiten soll, aus jeweils acht Vertretern des Bundestages, des Bundesrates und der Zivilgesellschaft bestehen - jeweils zwei Vertretern weniger als bislang geplant. Entgegen dem bisherigen Entwurf wird die Politik in der Kommission kein Stimmrecht besitzen. Das geplante Bundesamt für kerntechnische Entsorgung soll seine Arbeit später als geplant aufnehmen. Außerdem sehen die Änderungsanträge vor, dass es keine Auslandsentsorgung für hochradioaktiven Müll geben darf und der Rechtsschutz, um gegen Entscheidungen für ein geplantes Endlager zu klagen, auf Anwohner ausgedehnt werden muss. Die Daten aus dem Salzstock Gorleben dürfen zwar verwendet werden, sollen aber keine Vorfestlegung darstellen. Die vier Fraktionen einigten sich zudem darauf, dass die Abfallverursacher mit einer Umlage an der Finanzierung des Suchvorganges beteiligt werden.
„Wir haben gemeinsam einen langen Weg zurückgelegt“, sagte Maria Flachsbarth zu dem Kompromiss der vier Fraktionen. Sie betonte dass die Thematik der Endlagerung einen „besonderen Stellenwert“ habe und sich auch die Umstände für die Suche nach einem Standort „grundlegend geändert“ hätten. Sie erläuterte die verschiedenen Änderungsanträge und begrüßte, dass es einen „neuen Stil bei der Endlagersuche“ gegeben habe.
Auch Ute Vogt (SPD) lobte nicht nur den Inhalt, sondern auch den Weg des Verfahrens, da man sich dabei anhand von Problemstellungen und nicht von Parteigrenzen habe leiten lassen: „Es war eine Arbeit, wie sie die Bürgerinnen und Bürger erwarten“, sagte sie. Die Endlagerung sei ein „Thema, das wir verpflichtet sind, zu lösen“, erklärte Vogt. Gleichzeitig bedauerte sie, dass einige Initiativen nicht an dem Bürgerforum Ende Mai teilgenommen hätten. „Das Gelingen steht und fällt mit der Bürgerbeteiligung“, betonte die SPD-Politikerin und sagte, dass viele Anregungen aus der Zivilgesellschaft in den Gesetzentwurf eingeflossen seien.
Nach Meinung von Angelika Brunkhorst (FDP) ist das Gesetz ein „guter Ausgangspunkt“, um stark wissenschaftsbasiert in das Verfahren zu gehen. Sie äußerte die Hoffnung, dass die geplante Kommission noch vor Ende der Sommerpause seine Arbeit aufnehmen könne. Sie wies zudem auf die Verpflichtung Deutschlands hinsichtlich der EU-Entsorgungsrichtlinie hin, die vorschreibe, dass es bei der Endlagerung zwischen dem Betreiber und der Kontrollinstitution unterschieden werden müsse.
Kritik an dem Gesetzentwurf kam von der Fraktion Die Linke. Die Eile, mit der man die Standortauswahl vorantreibe, sei nicht nachvollziehbar, sagte Ralph Lenkert. Er monierte, dass die Erfahrungen etwa aus dem Atommülllager Asse nicht in den Gesetzentwurf eingeflossen seien. Vor einem Gesetz müssten erst die Kriterien festgelegt werden. Über diese Kriterien, fordert Lenkert, müsste mittels eines Volksentscheides von der ganzen Bevölkerung abgestimmt werden. Außerdem müsse die Finanzierung des Endlagers dauerhaft sichergestellt und daher die entsprechenden Rücklagen bei der öffentlichen Hand festgelegt werden.
Auch Silvia Kotting-Uhl (Bündnis 90/Die Grünen) sagte, dass das Gesetz nur Bestand haben werde, wenn es einen breiten Konsens gebe. Den Entschließungsantrag der Linksfraktion bezeichnete sie als „realitätsfremd“ und verteidigte den fraktionsübergreifenden Gesetzentwurf: „Es ist das Wesen eines Konsenses, dass man sich nicht in allen Punkten wiederfindet“, sagte sie. Das entscheidende sei, dass mit dem neuen Gesetz „30 Jahre Vorfestlegung auf Gorleben“ beendet seien, erklärte sie. Die Lehre aus Gorleben sei, dass es ein „über jeden Zweifel erhabenes Verfahren“ gegen müsse. Die eigentliche Arbeit, sagte Kotting Uhl, beginne aber erst jetzt.
