Neben Verbesserungen bei der Evaluierung der Schengenstaaten wurde ein Notfallmechanismus eingeführt für den Fall, dass ein Mitgliedstaat nicht in mehr in Lage ist, seine Verpflichtungen gemäß den Schengen-Vorschriften zu erfüllen. Der neue Mechanismus soll gewährleisten, dass Defizite mit Unterstützung der europäischen Ebene und der Mitgliedstaaten schnell behoben und dauerhaft beseitigt werden können. Er sieht als letzte Möglichkeit aber auch eine Klausel für die temporäre Wiedereinführung von Binnengrenzkontrollen vor. Der Rat würde in einem solchen Fall eine Empfehlung geben, die Letztentscheidung über die Wiedereinführung temporärer Binnengrenzkontrollen läge bei den einzelnen Mitgliedstaaten.
Deutschland hatte für Fälle, in denen aufgrund von Fehlentwicklungen in einzelnen Mitgliedstaaten die Schengen-Zusammenarbeit insgesamt gefährdet ist, eine entsprechende Möglichkeit gefordert.
Bundesinnenminister Friedrich erklärt hierzu: "Die Einigung zur Stärkung des Schengenraums zeigt, dass wir in Europa auch hier in der Lage sind, Fehlentwicklungen entgegenzuwirken. Mit dem beschlossenen Verfahren wahren wir die Balance zwischen der Achtung der nationalen Souveränität der Mitgliedstaaten für die Sicherheit ihrer Bürger und der notwendigen Befassung auf europäischer Ebene."